Ученый Фауст одержим стремлением постичь тайны мироздания. Ему мало поверхностного знания — он копается в глубинах человеческой природы, буквально и метафизически. В надежде обнаружить душу, Фауст анатомирует тела, но находит лишь плоть и пустоту. Этот кризис веры и познания приводит его к внутренней бездне: если душа недоступна через науку, где же тогда искать истину?
Рядом с ним — его помощник Вагнер, закомплексованный и не менее амбициозный. Вагнер решает пойти другим путем: он пытается обойти природу, вырастив в пробирке гомункулуса — идеального, управляемого человека, созданного разумом, а не страстью или случайностью. Его эксперимент — дерзкий вызов самой жизни, попытка стать богом в лабораторных условиях.
На фоне этих научных исканий разворачивается история, в которой вопросы разума, веры, морали и силы человеческого желания переплетаются в тугой узел. Кто ближе к истине — Фауст, идущий по следам души, или Вагнер, создающий её замену? А может быть, истина недостижима вовсе, если в погоне за ней человек теряет человечность?